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肺部分割是医学影像处理中的重要任务之一。本节介绍了如何利用MATLAB中的图像处理工具箱,通过活动轮廓方法(Snakes)进行三维肺部分割,并计算肺部的体积。
首先,我们需要将人体胸部CT扫描数据加载到MATLAB工作空间中。为了运行此示例,您需要使用附加功能浏览器下载样本数据集。此外,确保MATLAB已安装,并在命令行窗口中执行以下命令加载数据:
load chestVolumeV = im2single(V); % 将CT扫描数据转换为单通道浮点数格式
在加载数据后,可以通过MATLAB附加功能浏览器查看和安装所需的数据集。完成后,您将能够在命令行窗口中访问CT扫描数据。
为了实现肺部分割,我们将分别处理XY平面和XZ平面的中心切片,通过二维分割优化得到初始肺部掩膜。
XY = V(:,:,160); % 提取XY平面上的第160层切片XZ = squeeze(V(256,:)); % 提取XZ平面的第256层切片,并去除第三维
使用Image Segmenter
APP对XY和XZ切片进行分割,并对生成的二值掩膜图像进行优化处理。以下是优化步骤:
BW = imcomplement(BW);
BW = imclearborder(BW);
BW = imfill(BW, 'holes');
se = strel('disk', 13); % 创建半径为13的圆形结构元素BW = imerode(BW, se);
通过上述步骤,可以得到优化后的肺部掩膜图像。
将二维掩膜投影到三维空间中,创建通用的种子掩膜:
mask = false( seasonsize(V) );mask(:,:,160) = BW; % 将XY掩膜复制到对应的Z层mask(256,:,:) = mask(256,:,:) | im reshape(BW_XZ, [1, 512, 318]); % 将XZ掩膜融合到三维掩膜中
使用活动轮廓方法对三维体积进行分割:
segmentedImage = histeq(V); % 对原始数据进行直方图均衡化BW = activecontour(V, mask, 100, 'Chan-Vese'); % 调用活动轮廓算法segmentedImage = V .* single(BW); % 将分割结果与原始数据对齐
通过上述步骤,可以得到三维分割后的肺部图像。
为了验证分割效果,计算肺部的体积。使用regionprops3
函数分析二值掩膜图像:
.volLungsPixels = regionprops3(logical(BW), 'volume'); % 获取分割肺部区域数量
结合CT扫描数据中每个体素的空间间距,可以计算肺部总体积:
spacingx = 0.76; % X轴体素间距(mm)spacingy = 0.76; % Y轴体素间距(mm)spacingz = 1.26e-6; % Z轴体素间距(mm)unitvol = spacingx * spacingy * spacingz; % 单个体素体积(mm³).volLungs1 = volLungsPixels(1) * unitvol; % 左肺体积.volLungs2 = volLungsPixels(2) * unitvol; % 右肺体积.volLungsLiters = volLungs1 + volLungs2; % 分割肺部总体积
通过上述方法,可以准确计算分割肺部的体积,满足医学影像处理的需求。
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